O Departamento de Polícia Penal do Estado do Paraná – DEPPEN passou por diversas transformações ao longo de sua existência, tendo sua origem no início do ano de 1909, com a construção da primeira Penitenciária no Estado do Paraná. Denominado inicialmente de DEPE – Departamento de Estabelecimentos Penais do Estado (denominação adotada até 1975, quando o órgão passa a chamar Coordenação do Sistema Penitenciário – COOSIPE, com tal nomenclatura sendo novamente alterada em 1987, dentro da nova regulamentação da Secretaria de Estado da Justiça, passando a denominar-se Departamento Penitenciário – DEPEN). Entre 1987 e 2021, o Departamento de Polícia Penal passou por outras denominações e esteve subordinado ora à Secretaria de Segurança Pública (SESP), ora à Secretaria de Justiça.

Com a publicação do Decreto Estadual nº 4199 de 30 de março de 2012, determinou-se a inclusão da meta de transferência da gestão das carceragens de 29 (vinte e nove) Unidades Prisionais que eram geridas pela Secretaria de Estado da Segurança Pública – SESP para a gestão da SEJU (responsável, naquele momento, pelo Departamento Penitenciário), como forma de garantir a aplicação do princípio da dignidade da pessoa humana encarcerada e sua ressocialização. Hoje, 100% dos ambientes de custódia prisional são geridos pelo DEPPEN.

As alterações trazidas pela Emenda Constitucional (EC) nº 50, de 25 de outubro de 2021, contemplam as modificações necessárias para destinar ao Departamento de Polícia Penal do Estado do Paraná – DEPPEN a execução das políticas criminais e penitenciárias, em consonância com a Emenda Constitucional nº 104, de 5 de dezembro de 2019, que previu a Polícia Penal no âmbito dos órgãos integrantes da Segurança Pública e vinculada ao órgão administrador do sistema penal da unidade federativa a que pertencem (§ 5º-A do art. 144 da CF/1988).

Em 1º de Janeiro de 2023, com o advento da Lei nº 21352, legislações anteriores foram revogadas ratificando a competência da SESP para a custódia de Pessoas Privadas de Liberdade (PPL), para a supervisão e fiscalização da aplicação de pena de reclusão e de detenção e a educação e qualificação profissional daqueles que se encontram sob custódia do Estado, deixando todas as atividades penitenciárias amparadas e vinculadas à SESP.